Fukasaku theo học điện ảnh tại Đại học Nihon, ở khoa điện ảnh đầu tiên của đất nước, trước khi chuyển sang khoa văn học để viết kịch bản vào năm thứ ba. Ở đó, anh theo học Noda Kogo và Inomata Katsuhito. Sau khi tốt nghiệp năm 1953, Fukasaku trở thành trợ lý đạo diễn tại Toei vào tháng 6 năm 1954, nơi ông làm việc dưới quyền của những nhân vật như Makino Masahiro và Sasaki Yasushi.[11]

Fukasaku làm đạo diễn đầu tay vào năm 1961 với hai phim truyện ngắn Fūraibō tantei: akai tani no sangeki và Fūraibō tantei: Misaki o wataru kuroi kaze, với sự tham gia của Sonny Chiba. Bộ phim truyện dài đầu tiên của ông cho chi nhánh New Toei là Hakuchu no buraikan cùng năm đó.[11] Bộ phim màu đầu tiên của ông được sản xuất là Gyangu tai G-men (1962). Bộ phim đầu tiên đúng nghĩa của ông cho Công ty Toei là Hokori takaki chosen vào một năm sau với sự tham gia của Tsuruta Kōji. Ông tạo nên bước ngoặt vào năm 1964 với diễn viên Takakura Ken đóng vai chính trong Jakoman to Tetsu.[11] Từ năm 1966 đến năm 1971, ông đã sản xuất một số bộ phim đề tài băng đảng hiện đại cho Toei (thường có sự góp mặt của Tsuruta), chẳng hạn như Kaisanshiki (1967), Bakuto Kaisanshiki (1968) và Nihon boryoku-dan: Kumicho (1969).

Nhờ một hợp đồng không độc quyền, ông cũng làm đạo diễn Kurotokage, dựa trên vở chuyển thể sân khấu của Mishima Yukio từ tiểu thuyết của Edogawa Rampo và Kuro bara no yakata cho Shochiku, cả hai đều có sự tham gia của nam diễn viên chuyên vai nữ Miwa Akihiro. Năm 1968, ông làm đạo diễn Ganmā Daisan Gō: Uchū Daisakusen, một bộ phim khoa học viễn tưởng do Hoa Kỳ và Nhật Bản hợp tác sản xuất.[11]

Năm 1970, Fukasaku được tuyển để chỉ đạo phần tiếng Nhật của một bộ phim Mỹ-Nhật khác Tora! Tora! Tora!, sau khi Kurosawa Akira rút lui. Nhờ sử dụng lương của mình từ dự án, ông đã mua bản quyền chuyển thể Under the Flag of the Rising Sun. Bộ phim được giới phê bình đánh giá cao, thậm chí còn được chọn là tác phẩm của Nhật Bản đi tranh cử hạng mục phim ngoại ngữ hay nhất tại lễ trao giải Oscar lần thứ 45 năm 1972, mặc dù phim không được đề cử. Năm đó cũng chứng kiến sự ra mắt của dự án Gendai Yakuza: Hitokiri Yota cùng sự tham gia của Sugawara Bunta, làm cho nhà sản xuất Shundo Koji của Toei chọn Fukasaku để làm đạo diễn một bộ phim đột phá về yakuza.[11] Jingi Naki Tatakai được phát hành vào năm 1973. Cho đến thời điểm này, nhiều bộ phim về yakuza của Nhật Bản thường là những câu chuyện về tinh thần hiệp sĩ lấy bối cảnh trước chiến tranh, nhưng bộ phim theo phong cách tài liệu và siêu bạo lực của Fukasaku lấy bối cảnh ở vùng Hiroshima hỗn loạn thời hậu chiến. Nhờ gặt hái thành công về mặt thương mại và phê bình, tác phẩm đã cho ra 7 phần phim tiếp theo của Fukasaku và ba phần phim dựa trên loạt phim nhưng do người khác làm đạo diễn. Sau khi chỉ đạo một số phim yakuza khác, gồm Jingi no Hakaba (1975), Kenkei tai Soshiki Bōryoku (1975), Yakuza no Hakaba: Kuchinashi no Hana (1976) và Hokuriku dairi sensō (1977), Fukasaku đã bỏ làm thể loại này.[11]

Ông chú trọng vào các tác phẩm sử thi lịch sử; Yagyū Ichizoku no Inbō (1978), Akō-jō danzetsu (1978), Makai Tenshō (1981); các phim khoa học viễn tưởng; Uchū Kara no Messēji (1978) và Virus (1980). Virus là tác phẩm đắt đỏ nhất của Nhật Bản vào thời điểm đó và thất bại về mặt phòng vé. Tuy nhiên, hai năm sau, ông làm đạo diễn bộ phim hài gây tiếng vang Kamata koshin-kyoku; tác phẩm đã giành được cả Giải Viện hàn lâm Nhật Bản cho phim điện ảnh của năm và giải Kinema Junpo cho phim hay nhất năm. Fukasaku được chọn để chỉ đạo Sono otoko, kyōbō ni tsuki (1989), nhưng xung đột về lịch trình làm ông phải rút lui và Kitano Takeshi đảm nhận vai trò đạo diễn đầu tiên của anh.[14]

Năm 2000, Battle Royale được phát hành. Bộ phim đã nhận được những lời khen ngợi tích cực từ giới phê bình và trở thành một tác phẩm thành công lớn về mặt tài chính khi thu về 3,11 tỷ yên nội địa.[15][16][17] Phim đã trở thành một hiện tượng văn hóa, tạo ra thể loại battle royale, một thể loại kể chuyện hư cấu và/hoặc phương thức giải trí trong đó một nhóm người được chọn và được hướng dẫn giết từng người cho đến khi có một người chiến thắng sống sót.[17] Bất chấp bị gắn mác R15+, đạo diễn Fukasaku Kinji đưa ra một thông cáo báo chí nhắm vào nhóm tuổi của các nhân vật trong phim, ông cho rằng "bạn có thể lẻn vào, và tôi khuyến khích bạn làm và tôi khuyến khích bạn làm như vậy."[18] Gần cuối đời, Fukasaku lấn sân sang thế giới trò chơi điện tử với vai trò đạo diễn của trò chơi kinh dị sinh tồn Clock Tower 3 (2002) của Capcom/Sunsoft.

Fukasaku thông báo mình bị ung thư tuyến tiền liệt vào tháng 9 năm 2002.[7] Vào cuối tháng 12 năm 2002, ngay sau khi bắt đầu ghi hình Battle Royale II: Requiem, ông phải nhập viện khi tình trạng trở nên tồi tệ hơn. Fukasaku qua đời tại một bệnh viện ở Tokyo vào ngày 12 tháng 1 năm 2003, hưởng thọ 72 tuổi.[7] Do chỉ đạo diễn một cảnh duy nhất, con trai ông là Kenta đã nhận trách nhiệm chỉ đạo bộ phim thay cha mình.